L'església de Sant Joan de Salelles és una petita joia romànica situada en un indret de calma i tranquil·litat, al rerapaís del Baix Empordà, dins l'extens terme municipal de Cruïlles, Monells i Sant Sadurní de l'Heura.
És un monument protegit i inventariat dins el Patrimoni Arquitectònic Català, situat al veïnat del mateix nom. El petit temple fou bastit vers els segles X-XI en estil romànic. La façana va ser refeta a finals del segle XVI.
Inicialment fou l'església parroquial de Sant Sadurní de l'Heura, però al segle XII va deixar de ser parròquia en detriment de la construcció de l'actual església de Sant Sadurní.
El 1835 es va abandonar i saquejar. Per sort, tot el conjunt es va restaurar, a més, també es va reconstruir la porta del costat de migdia del temple i el campanar. Fou novament restaurada entre els anys 1985-1987 per la Diputació de Girona i la Generalitat de Catalunya, després d'un llarg temps d'abandó. Des de llavors s'hi celebra un aplec cada 24 de juny.
És un edifici aïllat, que consta d'una nau amb absis semicircular molt allargat. La nau es cobreix amb volta apuntada i seguida, i l'absis amb volta de quart d'esfera. A la façana de migdia hi ha una porta d'accés d'arc de mig punt, i a l'absis una petita obertura d'una esqueixada, molt estreta, de tipus d'espitllera.
La façana, a ponent, presenta una porta allindada i una petita finestra també allindada a la banda esquerra, amb la data del 1596. El conjunt es completa amb un campanar d'espadanya situat sobre l'arc triomfal.
En una part del mur de la nau pot veure's l'alineació en opus spicatum (d'espina de peix), que ha fet datar l'edifici entre els segles X i XI. Disposa de dues portes, al sud hi ha la principal d'un sol arc i la del nord és molt petita. En el segle XVI es va refer el frontal de l'església amb una porta i finestra, en el llindar de la qual es pot veure la data de 1596. Es conserven un reliquiari i una lipsanoteca de fusta del segle XII, procedents de l'església, en el Museu d'Art de Girona.
